大B（李修贤 饰）在台湾做走私钻石生意，当地黑帮试图要大B涉毒令他渐生退意，和搭档阿坤先后返回了阔别三年的香港。大B的到来令母亲和小弟嘉华（郭富城 饰）又喜又忧，虔诚的母亲担忧大B 的江湖习气，但一家人终于冰释前嫌，一同搬入了大B购买的新宅。大B与女友小红（张敏 饰），连同好兄弟阿坤、超人（成奎安 饰）借高利贷盘下舞厅经营，在演艺学院就读的嘉华正好借此舞台大放光彩。大B为了帮弟弟的前程助力，在嘉华报名歌唱比赛时出面威胁评委，结果适得其反，使嘉华落选。受威胁的评委报警求助，使大B的舞厅遭到警方搜查，在舞厅中贩毒的阿坤连累大B再次入狱，不堪如此打击的母亲病重故去。嘉华为大哥的行为深感愤怒，兄弟俩分道扬镳……

澳门两大黑帮洪兴帮和义英帮为争夺赌场利益火并数月后决定言和，不想这时江湖上传出洪兴帮老大崩牙华已出五百万高价聘请外来杀手，准备不日刺杀义英帮大哥高佬忠。为保证高佬忠的安全以免天下再次大乱，崩牙华派出手下得力干将也是腐败警察的阿琛（梁朝伟）去阻止事情发生。 　　光头杀手耀东（ 刘青云）和神秘女子阿凤（邵美琪）常在阿琛左右出没，不断给他制造麻烦。原来，耀东是黑帮幕后老大洪先生派来的粉碎洪兴帮和义英帮的超级杀手，他的杀人手段十分精妙狠绝。经过一番安排，耀东制造出崩牙华与高佬忠均死于阿琛手中的局面，然而他的命运亦不掌控在自己手中。

香港九龙区旺角混混阿杰（刘德华）做事利落重情义，颇有老大风范，为了照顾做事冲动又好面子的小弟乌蝇（张学友），他不停地在各种大小麻烦中周旋，甚至不惜为乌蝇与黑道狠角色（万梓良）结仇。 　　阿杰表妹阿娥（张曼玉）前来旺角看病暂住他家，两人慢慢互生情愫，但因为担心自己的身份最终会给阿娥带来伤害，阿杰选择了将心事埋藏。待阿杰明白真情抑压不住想对命运做番抵抗时，乌蝇却再次因好面子面临生命危险，于是一道友情与爱情必选其一的难题重又摆在阿杰面前。

香港重案组督察Sam（黎明）率众捣毁了某跨国犯罪组织的巢穴，并把该组织首脑之一Night（尹子维）捸捕归案，但他没想到的是， Night会在其花重金聘请的能言善辩的律师团的帮助下仅以协助偷运人蛇罪被判3年监禁，对此Sam虽很失望，但仍暂时舒了口气，携妻子Ann来到巴黎游玩散心。
　　谁料Night的哥哥Day派的杀手早在巴黎埋伏。在巴黎购物中心，Ann不幸被杀手暗杀，Sam虽侥幸逃脱，却无法安然接受事实。回到香港后，Sam 辞掉了督察职务，开始了隐居生活，可是在无意间结识来自日本的漂亮女记者（濑户朝香）后，他对生活又有了新的理解

虽已身价千万，功成名就，但是大老板王浩潮（黄秋生 饰）身心始终得不到放松。在外有征地事宜搅扰不堪，内有女儿黛丝（文咏姗 饰）青春叛逆，沉湎毒品无法自拔。在一次父女争吵过后，黛丝神秘失踪，不久一段绑架录像便送到王的手中。起初以为是女儿布下的骗局，王只得被迫就范。谁知五千万赎金奉出，女儿仍不见下落。万般无奈，他委托忠心耿耿的保镖——曾经混过江湖的阿初（任贤齐 饰）调查女儿行踪，最终见到的却是黛丝冰冷的尸体。 　　王悲痛欲绝，发誓要让绑匪付出代价。他向所有人隐瞒黛丝已死的事实，单单倚重阿初与其一起踏上复仇的征途。因果报应，丝毫不爽……

1991年，香港黑帮三合会会员刘健明（刘德华）听从老大韩琛（曾志伟）的吩咐，加入警察部队成为黑帮卧底，韩琛许诺刘健明会帮其在七年后晋升为见习督察。1992年，警察训练学校优秀学员陈永仁（梁朝伟）被上级要求深入到三合会做卧底，终极目标是成为韩琛身边的红人。2002年，两人都不负重望，也都身背重压，刘健明渐想成为一个真正的好人，陈永仁则盼着尽快回归警察身份。 　　重案组从陈永仁手中获悉一批毒品交易情报，锁紧目标人物韩琛，没料情报被刘健明泄出，双方行动均告失败。但此事将双方均有卧底的事实暴露，引发双方高层清除内鬼的决心。命运迥异又相似的刘健明和陈永仁开始在无间道的旅程中接受严峻考验。