韦小宝（周星驰 饰）要护送建宁公主（邱淑贞 饰）嫁到云南，在途中遇到了独臂神尼的刺杀。小宝被抓走后，借口拜神尼为师，其实是想追求其徒弟阿珂（李嘉欣 饰）。不料韦小宝被神龙教圣女龙儿（林青霞 饰）抓走，想要报了之前在王宫里埋下的仇恨，却没想到遭到了平西王的陷害。韦小宝极力相救，龙儿以身相许更把绝世武功传于韦小宝。韦小宝与公主之间的事情被平西王发现了，平西王更提前造反，小宝将贪图富贵的冯锡范骗到东郊皇陵，没想到那里竟然是大清龙脉……
神水宫是江湖中的传说，它从来不参与江湖纷争，亦没有人知道它的真身究竟在何处。近日来，武林帮派的各大帮主接连因为中了神水宫的天一神水之毒而命丧黄泉，一向风流倜傥的楚留香（狄龙 饰）则被误会为了神水宫的帮凶而遭到唾弃。 为了洗清冤情，楚留香决定和李红袖等人调查事件的真相，在一番波折之后，楚留香总算得以打入了神水宫的内部，却发现这里的确是清静之地。原来，所有的命案都系楚留香昔日的好友无花和尚所为，然而，当楚留香想要离开神水宫将真相公之于众时，却遭到了神水宫主的拒绝，只因为楚留香得知了她有一私生女的秘密。
元元公主（杨千嬅饰）是皇上盼望已久的女儿，可是公主天生就有一股十分难闻的体臭，多位御医也无法解决这个难题。从小就没有人愿意跟公主在一起。眼看公主到了婚嫁的年龄，皇帝宣布如果谁能成功治愈公主的病便把公主许配之。沈梦溪（任贤齐饰）是一名穷花匠，努力与其他神医争取，但首御医（钟镇涛饰）为了让他的徒弟胜出，刁难梦溪之余还用手段使他落败。他准许继续研究新药帮助公主。 他偶遇了卖鱼少女含香（杨千嬅饰），她身上也有一股同样的味道，含香也愿意帮他做试验。屡次失败后，两人踏上了寻找花香香料的旅途，感情俱增。 限期已到，梦溪到了皇宫，见了公主，才知道原来公主是他最熟悉的女孩。
清朝末年，官吏贪腐，民不聊生，在浙江地方上，有一位蒙面侠士“铁猴子”，两年来劫富济贫，令卖官鬻爵的历任知府叫苦不迭。铁猴子在白天的身份是大夫杨天淳(于荣光 饰)，杨大夫妙手仁心，深得乡邻爱戴。知府为抓捕铁猴子，不惜拷打众多不相干群众，路经此地的黄麒英（甄子丹 饰）、黄飞鸿父子不慎卷入其中，知府见黄麒英身手过人，扣押飞鸿要挟其捉拿铁猴子，黄麒英与铁猴子交手后惺惺相惜。不久朝廷钦差抵浙，听闻铁猴子“作乱”之举后施展大力金刚掌将其击伤，原来这钦差的真实身份是少林叛徒衍空（任世官 饰），身为少林弟子的黄麒英联合铁猴子，誓为少林清理门户。
广州提督之子苏灿（周星驰 饰）在考取武状元时，被人设计陷害沦为乞丐。因为丐帮四大长老杀了自己的教主，入主朝廷的天理教太乙真人四处迫害丐帮，加上丐帮帮主阵亡令打狗棒法失传，丐帮一时四分五裂群龙无首。在心仪苏灿的如霜（张敏 饰）的暗中帮助下，传功长老选中苏灿为丐帮接班人，传以打狗律 法要诀。苏灿学艺成功后，成为新任帮主，开始团结各地丐帮会员自强，共同奋力对抗天理教。太乙真人（徐少强 饰）欲拥兵自立，预谋在皇帝狩猎之时下手行刺，不料消息走露传到苏灿耳中。
