清朝末年，官吏贪腐，民不聊生，在浙江地方上，有一位蒙面侠士“铁猴子”，两年来劫富济贫，令卖官鬻爵的历任知府叫苦不迭。铁猴子在白天的身份是大夫杨天淳(于荣光 饰)，杨大夫妙手仁心，深得乡邻爱戴。知府为抓捕铁猴子，不惜拷打众多不相干群众，路经此地的黄麒英（甄子丹 饰）、黄飞鸿父子不慎卷入其中，知府见黄麒英身手过人，扣押飞鸿要挟其捉拿铁猴子，黄麒英与铁猴子交手后惺惺相惜。不久朝廷钦差抵浙，听闻铁猴子“作乱”之举后施展大力金刚掌将其击伤，原来这钦差的真实身份是少林叛徒衍空（任世官 饰），身为少林弟子的黄麒英联合铁猴子，誓为少林清理门户。

　　故事发生在公元1402年，燕王朱棣（张大可 饰）发动“靖难之役”夺其侄子明惠帝朱允炆（张大可 饰）帝位。登基后，为巩固统治，恐明惠帝余部反攻，复启用锦衣卫残杀前朝忠臣元老。
　　锦衣卫指挥使青莲（徐子鹿 饰）奉命潜伏民间暗杀惠帝余党，不慎受伤，被离歌笑（实为惠帝）所救，养伤期间，两人暗生情愫。临别之际，离歌笑将其贴身玉佩赠予青莲。当青莲回到朱棣身边，被朱棣认出玉佩出处，生性多疑的朱棣便派遣青莲前去暗杀离歌笑。当青莲得知离歌笑便是惠帝时，该如何抉择？

　　杀害捕神的女杀手在姬摇花（江一燕 饰）的协助下， 利用易容术从六扇门的大牢中逃脱。宋徽宗（苏有朋 饰）为此震怒不已，命令六扇门尽快将其捉拿归案。冷血（邓超 饰）无法坐视不管，执意回到六扇门追查真相，在他的眼中摇花的秘密似乎昭然若揭。与此同时，适逢重阳庙会，宋徽宗以体察民情为名执意微服出巡，群臣劝诫无数，眼睁睁看着皇上出宫，最终宋徽宗突然消失，下落不明。在此期间，冷血遇到了此前决然离去的无情（刘亦菲 饰），两人的关系跌至冰点。为了找到皇帝的下落，冷血和铁手（邹兆龙 饰）、追命（郑中基 饰）相继出动，一连串的纷争搏杀再起……
　　本片根据温瑞安同名武侠小说改编。

　　故事充满了神秘和传奇色彩，描述了修罗山上的神帝和魔凰的传说。魔凰修得了魔眼，带来了诸多祸端，而神帝则修得了神眼，以对抗魔凰的邪恶力量。故事中，江湖上的各个势力都在寻找魔眼，为了防止其带来的危害。十六年前，魔眼现世，引发了一场江湖风波。晦明大师派出弟子杨云骢前往寻找魔眼，以防止江湖生灵蒙受伤害。杨云骢带着女儿易兰珠，踏上了这段危险的旅程。在修罗谷中，他遭遇了神调门的幽冥魔姬和徐福的袭击，最终因保护女儿而不幸身亡。然而，在生命垂危之际，他遇见了少年穆郎，一个忠义之士，将女儿托付给他，并让他去寻找晦明大师。
　　十六年后，神调门的修罗王开始屠杀江湖，八大门派陷入了危机。在这个危急时刻，刘郁芳被神调门追杀，却被凌未风所救。刘郁芳手持密函，与凌未风和易兰珠一同前往梅花庄，希望解读密函的内容。在他们的旅途中，刘郁芳逐渐发现，凌未风或许就是她的青梅竹马穆郎。

　　唐末，黄巢起义军攻入唐首都长安，晋王李克用（谷峰 饰）受命剿贼，收复都城。沙陀族人李克用其时拥兵十万，麾下猛将如云，更有义子组成的十三太保能征善战，一时风光无两。
　　汴梁节度使朱温客访观战，恰逢黄巢手下第一勇将孟绝海搦战，第十三太保李存孝（姜大卫 饰）出阵迎敌，活捉孟绝海 ，但李为人持勇傲物，朱温受辱于功宴，怀恨在心。
　　四太保李存信嫉妒李存孝功高，献计轻兵直入长安取黄巢首级，李克用命九名太保行刺，由李存孝统领。九人夜入长安，连番血战后在五凤楼将黄巢射伤，无奈敌兵势众，九人于民女燕姑娘家暂避，期间李存信与十二太保康君利欲行不轨，为李存孝赶出队伍。
　　李存信、唐君利落寞之际被朱温蛊惑，诱使李克用入汴梁，朱温灌醉李克用、十一太保史敬思（狄龙 饰）后痛下杀手，史敬思为保李克用力竭身死，千钧一发之际李存孝率黑鸦兵赶到。
　　李、唐二人一计不成又生一计，两人盗得李克用贴身佩剑，假传钧旨，势要致李存孝于死地……

　　明朝末年奸臣当道，朝廷的忠义大将因受陷害被抄家，仅年幼的儿子袁承志（元彪  饰）逃出。十六年后，袁承志长大成人，无意中得到一份武功秘籍和藏宝图，开始了寻宝之路。期间，袁承志目睹明朝官匪勾结，百姓流离失所，又受父亲的影响，一直想寻求强国之路。旅途中，袁承志遇到志同道合的富商多尔衮，一路结伴同行。期间遭遇绑匪，被卷入江湖帮派与五毒教的恩怨之中。最终袁承志靠坦荡胸襟和高超的武艺化解了恩怨。为了削弱满清对明朝的威胁，袁承志决定刺杀皇太极，却发现多尔衮竟然是满清亲王。最后，根据藏宝图的记载，袁承志终于找到宝藏并献给了闯王，寄望闯王能重整明朝河山。可是，明朝皇帝胸无大志，袁承志又备受闯王手下排挤，满清势力日渐壮大。袁承志深感壮志难酬，心灰意冷之下，只得远走海外。

　　安史之乱平定之后，安史余孽成立了飞乙帮，秘密游走于藩镇之间，合纵连横，企图煽动诸帅起兵河北，从中渔利。为了清剿飞乙贼子，朝廷命剑圣裴旻公招募了一些江湖上的剑侠，成立了长水门。贞元十二年，飞乙帮和长水门各自在魏博布下重重迷局，双方在此展开一场惊心动魄的生死之战。

　　明朝中叶，宦官当权，兵部尚书于谦遭陷害入狱，满门抄斩，只剩下一儿一女被押送塞外龙门充军。东厂太监曹少钦（白鹰 饰）意欲斩草除根，派人截杀两个孩子，被于谦旧部朱骥阻拦。曹少钦又派心腹皮绍棠（苗天 饰）和毛宗宪（韩英杰 饰）赶到出关必经之地龙门客栈拦截。其时义士萧少镃（石隽 饰）也赶赴客栈与栈主会合商议搭救忠良之后，朱骥与其女扮男装的妹妹朱辉（上官灵凤 饰）也赶到客栈，三路人马碰头，怀着各自目的，试探彼此身份，很快变成一场混战，此时曹少钦也正飞速赶来龙门客栈，武功极高的他是义士们的最后宿敌……

　　王兆兴从小一起长大的师妹在上次任务中牺牲，令王兆兴萌生去意，在京城中欲向车千户辞职，车千户令其站好最后一斑岗，押送一名投诚叛将到兵部。一桩看似简单的任务但危机四伏，在紧要关头谷平安等人赶来相助，终于完成了“终极任务”，而王兆兴的命运又如何呢？
　　大明朝锦衣卫飞鱼营校尉王兆兴的师妹晶晶在执行任务时牺牲。晶晶临死之前，奉劝王兆兴离开飞鱼营，原因是飞鱼营内部有问题。师妹没说完飞鱼营组织内部到底出了什么问题就咽了气，留给王兆兴无尽的痛苦和疑惑。带着师妹留下的疑惑和对平安镖局副总镖头谷平安的承诺，王兆兴启程赶赴京城，求见义父车千户大人。 飞鱼营是大明朝皇家卫队中最秘密、也是最值得托付的精英组织，内部有着严明的纪律和组织结构，擅自离开飞鱼营者将受到军法的处置。尽管如此，王兆兴仍然历数自己进入飞鱼营以来的建树和苦衷，最终征得义父的同意，但前提是要完成义父交代的最后一项任务，于天黑之前押送番军一名投降将军至兵部受审。
　　王兆兴于德胜门外从边防军将士手里接过押送番军投降将军穆天有的任务，几招驯服桀骜不羁的穆天有，将穆天有装扮成中原人士模样，按指定路线向兵部而去。在一酒肆门前，接连两拨黑衣杀手直奔穆天有而来，还口口声声劝飞鱼营校尉王兆兴少管闲事。王兆兴联手穆天有，击退黑衣杀手，同时查明此行系青蛇会所为。
　　青蛇会在江湖中人称“索命帮”，青蛇会怎么知道王兆兴的身份，以及王兆兴押送番军投降将军的路线？王兆兴决定全力完成这次终极任务，同时查明真相。与此同时，义父车千户大人为王兆兴离开飞鱼营上下奔走，平安镖局副总镖头谷平安牵挂王兆兴的安危，带着手下两个得力助手大牛和小马向京城赶来。
　　京城里，通往兵部的路上杀机四伏，已经与王兆兴形同朋友的穆天有无事生非，闯进春满楼妓院要给曾经的红颜知己赎身。穆天有在春满楼陷入锦衣卫校尉吴大海的围困之中，如果不是王兆兴及时赶到，穆天有的性命堪忧。原来，在穆天有押送兵部受审之前，设法要穆天有性命的正是吴大海，因为穆天有的受审，将危及到朝廷的几位高官。
　　王兆兴带着穆天有杀出重围，在及时赶到京城的谷平安的帮助下暂时脱离困境。谷平安将王兆兴和穆天有带到谭家酒坊商量对策，与锦衣卫结怨甚深的顺天府朱捕头横插进来，亲自护送王兆兴前往兵部。兵部门口，王兆兴一行击退吴大海，将穆天有平安送进兵部，揪出朝廷数名私通番邦的贪官。王兆兴离开飞鱼营，与谷平安结为百年之好。

　　川陕总督卓仲廉的孙子卓一航（黄晓明 饰）刚刚成为武当派的新掌门人，藉此良机，他奉紫阳道长之命前往京城进奉红丸。谁知巨阉魏忠贤（倪大红 饰）从中作梗，用假红丸毒死登基不久的明光宗，之后把持朝政，派出锦衣卫追杀卓一航。与此同时，川陕副将金独异（赵文卓 饰）图谋害死卓仲廉，栽赃救助灾民的魔教女子玉罗刹（范冰冰 饰）。混战中有过一面之缘的玉罗刹和卓一凡再度相逢，并坠入爱河。然而好景不长，锦衣卫的魔爪分别伸向玉罗刹所在的明月寨以及武当山，有情之人被迫分离。为免除武当覆灭之难，卓一航只得忍辱负重归顺阉党。得知卓一航娶妻消息，玉罗刹一夜白头。
　　乱世之秋，男女传奇千古流传……

广州提督之子苏灿（周星驰 饰）在考取武状元时，被人设计陷害沦为乞丐。因为丐帮四大长老杀了自己的教主，入主朝廷的天理教太乙真人四处迫害丐帮，加上丐帮帮主阵亡令打狗棒法失传，丐帮一时四分五裂群龙无首。在心仪苏灿的如霜（张敏 饰）的暗中帮助下，传功长老选中苏灿为丐帮接班人，传以打狗律 法要诀。苏灿学艺成功后，成为新任帮主，开始团结各地丐帮会员自强，共同奋力对抗天理教。太乙真人（徐少强  饰）欲拥兵自立，预谋在皇帝狩猎之时下手行刺，不料消息走露传到苏灿耳中。

　　十九世纪中叶一代蔡李佛拳宗师陈享锄强扶弱、保家卫国、抵御外侮、爱国爱家的故事。陈享是江门市新会崖门镇京梅村人，生于1806年，自小酷爱武术，师从多家门下，后将所学武功去芜存精，于1836年创造了一套集多家拳法于一身、攻防兼备、刚柔并济的武术体系，以自己的恩师姓氏命名“蔡李佛拳”。如今，蔡李佛拳派已经枝繁叶茂，成为岭南拳术中最大的流派之一，全世界有35个国家的300多万人爱好蔡李佛武术。

　　玲珑山庄主十三燕早已退出江湖，李少白和狄八方却在其房里发现命案物证，然而十三燕中毒多年已成废人，少白查出十三燕好友屈方才是真凶。屈方听令于夜叉组织，下毒抢劫继而栽赃十三燕。

水师提督顾长风（于荣光饰）奉朝廷之命带领西班牙舰队探访黑木崖，过程中西班牙领队欲打开东方不败的棺木与视东方不败为偶像的顾长风发生争执。正在此时黑木崖上忽然现身一怪人（刘洵饰），可以以掌接西班牙火枪子弹。顾长风被怪人所救，却身受内伤，坚信其便是东方不败，坚持要一见其真面目 ，虽死无憾。怪人一偿所愿，让其看自己的庐山真面目，正是当年风采依旧的东方不败（林青霞饰）。顾长风告诉东方不败江湖上有很多人正在冒充他的名号为非作歹，东方不败于是决定留其性命，让他看着自己重出江湖。与此同时，东方不败旧时爱妾雪千寻（王祖贤饰）正率领着一群苗人打着东方不败的旗号与日本倭寇就海域问题谈判，雪千寻痴心不改，重组神教只是为了等待爱人归来......

清朝某年。赤脚小子关丰曜（郭富城 饰）独身入省城闯荡，他一贫如洗，可以依赖的只有自己一身功夫和染坊“四季织”内的父亲故交段青云（狄龙 饰）。 　　省城内局势颇不宁静，天龙坊主人喀和布（曾江 饰）凭旗人身份独霸一方，用以选拔家丁打手的擂台熙攘不休。新任县令袁天佑（张兆辉 饰）与教师（秦沛 饰）欲铲除喀和布，但立根不稳无计可施。关丰曜于路巧遇四季织女主人白筱君（张曼玉 饰）和袁师之女小莲（吴倩莲 饰），并终与段青云相见，原来段青云为躲避追捕，改名换姓藏身染坊，并与白筱君产生了情意。 　　喀和布为吞并四季织奸计频出，关丰曜忍无可忍打上门去，反被喀和布收服利用。袁天佑在同喀和布的较量中一再受挫，竟要挟段青云与喀和布拼斗，关丰曜匆匆赶去救援，但为时已晚……