神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
みつけた、熱くなれるもの（魔法少女）をー 祖父のもとを訪れた地図子は、街を守る魔法少女?ベリーブロッサムと出会い、たちまち夢中に。 しかし、敵対する悪の組織「フォッサマグナ」総帥?クロマの攻撃があまりにもパッとせず、２人の戦いは見応えゼロ。もっと、ベリーの活躍を愛でたい地図子はモヤモヤを募らせていく???。 「魔法少女をもっと輝かせたい???強いてくれ、苦戦を！」 その欲望（？）が、内気な少女を悪の路に導いてゆく―。
