在人与动物和谐共处的街道“动物镇（アニマルタウン）”，最喜欢动物的彩羽（いろは）和她的宠物狗小麦（こむぎ）是要好的朋友！ 某天，谜之生物焦躁怪（ガルガル）在街上大暴走！但是，小麦为了保护彩羽变成了人的模样，变身成了Precure...！？ 必须要帮助内心焦躁的孩子！齐心协力将动物们送回微笑花园（ニコガーデン）吧！ 没关系，让我听听你的声音吧！
随着武魂融合技的锋芒消散，切磋赛最终以唐舞麟所带领的一年级组获胜而告一段落。片刻宁静后，一年级生们的期末考试也如期而至。学院提出的种种难题令众人捉襟见肘，唐舞麟等人也不例外。他们使出了各自的看家本领，为通过考试，跌跌撞撞的踏上了明都之行……
故事设定在一个从未出现过奥特曼与怪兽的地球上。某天，一名外星人意外从宇宙坠落，他手持有着象征身份的红色宇宙回旋镖“奥美迦头镖”，并有着“究极”的称号。 失去过往记忆的外星人 “奥美迦” 化身为地球人模样，被人称为“宙人”。初到地球的宙人，对人类充满好奇，积极主动地接触和了解这些陌生的生命体。 当神秘巨型生物接连出现时，尘封的记忆碎片被唤醒，宙人认出这些生物正是记忆中的 “怪兽”。面对怪兽的威胁，强烈的使命感驱使他变身成为奥美迦奥特曼，与怪兽展开战斗。 与此同时，地球上的人类对突然现身的巨型生物，以及手持红色头镖与之战斗的巨人充满疑惑。为探寻真相，人类开始从各个角度观察这位神秘巨人。随着故事推进，来自外星的宙人与一位普通青年逐渐成为并肩作战的伙伴。作品将通过他们之间的羁绊与经历，深度探索 “奥特曼为何要守护地球” 这一问题的答案。 现在正是觉醒之时。
