八国联军入京，朝廷出奔，举国局势一度混乱。黄飞鸿（赵文卓 饰）与父亲黄麒英（刘询 饰）、十四姨（王静莹 饰）、徒弟梁宽（莫少聪 饰）、鬼脚七（熊欣欣 饰）一行人南下番禹，欲与十三姨（关之琳 饰）、猪肉荣（郑则仕 饰）、牙擦苏（郭晋安 饰）汇合。师徒于路同担心海盗夺粮的南粤米仓发生误会，两帮人不打不相识，黄飞鸿助其将盗米贼扭送衙门，惊觉盗米竟是差役领班谢四（张铁林 饰）指使。原来南海海盗趁局势混乱，活动频繁，使番禹一地早无官员统制，差役不得已靠偷盗维持口粮。黄飞鸿有感谢四等人忠义，遂放弃赴港计划，与当地海盗单眼英、张玉麟、张保仔等人展开连场搏杀…… 本片是徐克执导黄飞鸿系列的第五部。
清朝康熙年间，少林俗家弟子洪熙官（李连杰饰）是天地会成员，力图反清复明。洪熙官因被同门师兄马宁儿（计春华饰）出卖，家人被叛徒杀害，幸得幼子文定（谢苗饰）避过大难，洪熙官将马宁儿刺死后与文定浪迹天涯。洪熙官父子和行骗的朱小倩和红豆母女碰到一起，闹出许多事情。少林遭劫难，至善禅师将藏宝图纹在五个年幼的的俗家弟子背上，为防被朝廷夺走，并密函告知洪熙官，务必护送他们前往天地会。但马宁儿被洪熙官打成重伤后，并没有死，而是变成全身是毒、刀枪不入的怪物，他杀害了天地会总舵主，并追杀五个孩子……
黄飞鸿也会做糗事：听信弟子梁宽（梁家仁 饰）及牙擦苏（张卫健 饰），他竟把宝芝林搬到了妓院旁边。但这令他的众弟子喜上眉梢。妓院老板黄狮虎（陈百祥 饰）将黄飞鸿视作偶像，一心想拜他为师，却不被理会，其妹妹（袁咏仪 饰）等妓女更是被他敬而远之。清廷命官雷一笑（徐忠信 饰）实是义和团余孽，他勾结上级官员及能仁寺花和尚掳掠女性，准备将她们贩卖到南洋。 剧情简介: 黄飞鸿得知雷的阴谋后，开始想办法将被抢女性解救，被雷视作眼中钉。不久他同梁宽、牙擦苏等人表演舞狮时，因之前为救治病人拿自己当实验品服用西药，双耳突然失聪，被雷及其手下装扮的蜈蚣击败。回佛山医治路上，他遇到将他误会的铁燕（张敏 饰）和其父亲，他们从四川来到广州找寻失踪的妹妹时，曾因听闻雷一笑与黄飞鸿的对话将两人视为一伙。
明嘉庆年间，沿海一带倭寇横行，日本海盗首领与福建、浙江省沿海土豪及旁门左道邪派勾结，攻占白云庄，四处抢掠，青年武士樊振东率众抗拒，武林同同仇敌忾，纷纷响应……
庄严的皇宫内，十二位以属相命名的大内密探肩负着贴身保护皇上的重任，其中高天九外号“灵灵狗”（古天乐 饰）是一位满脑子充满奇想秒招的发明家。他靠各种“法宝”在保护皇上的过程中屡建奇功，但对于自己风情万种却功艺高强的未婚妻梅希望（大S 饰）的一片痴心，“灵灵狗”的反应却表现的相当木讷。为了让这“灵灵狗”这个木瓜开窍，梅希望想出了一个试探“灵灵狗”的办法。 深宫之类忠奸难辨，暗藏杀机。围绕公主选附马一事，各方面的力量都暗自勾结，企图谋权篡位并消灭以“灵灵狗”为首的大内密探，皇上安危遭受威胁，十二密探面临前所未有的挑战。
