一介贫民仁杰（刘家辉）为惩罚平时靠鱼肉百姓过日子的恶霸高峰（王龙威），假扮三德和尚对其展开攻势，不想被对方识破反遭一顿痛殴。其后，仁杰来到少林寺请求三德和尚传授功夫，但不被对方作正眼旁观。 有感于仁杰的诚心，三德和尚最终允许他留在少林寺，但不教授功夫，只让他负责搭棚修葺的工作。仁杰在工作之余，不忘初来志愿，见缝插针恳求三德和尚收他为徒，终惹怒对方，在对方的示意下，仁杰明白搭棚亦是少林功夫的一种，从此刻苦学习。
庄严的皇宫内，十二位以属相命名的大内密探肩负着贴身保护皇上的重任，其中高天九外号“灵灵狗”（古天乐 饰）是一位满脑子充满奇想秒招的发明家。他靠各种“法宝”在保护皇上的过程中屡建奇功，但对于自己风情万种却功艺高强的未婚妻梅希望（大S 饰）的一片痴心，“灵灵狗”的反应却表现的相当木讷。为了让这“灵灵狗”这个木瓜开窍，梅希望想出了一个试探“灵灵狗”的办法。 深宫之类忠奸难辨，暗藏杀机。围绕公主选附马一事，各方面的力量都暗自勾结，企图谋权篡位并消灭以“灵灵狗”为首的大内密探，皇上安危遭受威胁，十二密探面临前所未有的挑战。
包龙星（周星驰 饰）用钱买来了一个候补知县的职位，可是为人贪婪，县上的人都对他痛恨之极。在他代替正式知县的时候，戚家媳妇戚秦氏（张敏 饰）遭到了常威( 邹兆龙 饰 )的强暴，后来常威动了杀机把戚家上下都杀害了，更嫁祸于戚秦氏。常威是水师提督大人的儿子，请来大状方唐镜（吴启华 饰），收买了所有证人以便洗脱罪名。包龙星虽然极力寻找证据，也被迫害至落难他乡。他决定要上京告御状，后来他因没钱不得不在妓院打工，向老板娘学习了一身斗嘴的好功夫。他在妓院里误打误撞认识了皇上，帮助皇上有功他被封了大官，重审戚家被害的案件。他凭着聪慧与口才，全力为戚秦氏讨回公道。
水师提督顾长风（于荣光饰）奉朝廷之命带领西班牙舰队探访黑木崖，过程中西班牙领队欲打开东方不败的棺木与视东方不败为偶像的顾长风发生争执。正在此时黑木崖上忽然现身一怪人（刘洵饰），可以以掌接西班牙火枪子弹。顾长风被怪人所救，却身受内伤，坚信其便是东方不败，坚持要一见其真面目 ，虽死无憾。怪人一偿所愿，让其看自己的庐山真面目，正是当年风采依旧的东方不败（林青霞饰）。顾长风告诉东方不败江湖上有很多人正在冒充他的名号为非作歹，东方不败于是决定留其性命，让他看着自己重出江湖。与此同时，东方不败旧时爱妾雪千寻（王祖贤饰）正率领着一群苗人打着东方不败的旗号与日本倭寇就海域问题谈判，雪千寻痴心不改，重组神教只是为了等待爱人归来......
