大唐天宝年间，曹家村世代守护着一柄镇村宝刀。曹叔公欲将守刀人之位传给弟子，却左右为难：大弟子文远志大才疏，实力不足；二弟子文武沉稳可靠，却突患手抖之症，难以持刀。与此同时，各方势力早已对宝刀虎视眈眈，外有混混贼人明抢，内有村长暗中设局，宝刀甚至一度遭人调包。在种种艰难险阻之中，文远与文武将如何识破阴谋？他们又能否守住这柄世代相传的宝刀与家族使命？
在恋人（张曼玉）负气嫁给兄长的当晚，欧阳锋（张国荣）黯然离开白陀山，走进沙漠某个小镇，成为一名杀手中介人。他的朋友、风流剑客黄药师（梁家辉）每年都来小镇与他畅饮，酒话里有关白陀山的消息令他忘却往事的念想渐次演变成自欺行为。 黄药师只是表面风流。他迷恋好友“盲武士”（梁朝伟）的妻子桃花（刘嘉玲），后者在丈夫死后，永远地离开了他；而对迷恋他的女人慕容嫣（林青霞），他又不愿兑现曾经随口说出的承诺，这使得慕容嫣迷失于自己的身份中。与欧阳锋构成短暂“买凶杀人”关系的洪七（张学友）、村姑（杨采妮）等人，也都有一段只有他们自己才知、不愿回首的痛苦过往。
四大家族之一的金虎堡堡主在一次押镖途中，被四名蒙面和尚劫杀。叶青花被怀疑与此案有关，游侠雷迅助友洗脱嫌疑，竟卷入奇案，三闯少林找出四名和尚，当众伏法，以为真相大白；岂料，四名和尚又到处杀人，雷迅才知道被人利用，引发连场打斗。
社会动荡不安的唐朝未年，每18年举行一次的武林赏善罚恶大会上，武林十大前辈选出移花宫主为担任赶杀十大恶人重任的武侠义士，不料却遭到突至的宫主夫君燕南天的阻止。宫主以一招之差落败燕南天后夫妻反目，立誓18年后将授一门人杀尽十恶。 为感谢燕南天的救命之恩，十大恶人担起扶养其儿子小鱼儿（刘德华）的重任，并欲把他培养成天下最恶之人。宫主则收养了花无缺（林青霞），边授其武功边灌输男人都该杀的思想。18年过去，十大恶人与宫主分别命小鱼儿与花无缺在新一届赏善罚恶大会上争夺盟主，两人的生活轨迹开始交叉。
清朝时，少林寺图谋反清复明，为清兵所剿灭，少林子弟星散，清廷鹰犬紧追不舍……少林俗家弟子方世玉（季天笙 饰）与师叔至能大师与荒漠之中躲避清兵，偶遇从良妓女豆豆（李若彤 饰），三人于乱世相识，方世玉对豆豆一见钟情。清兵围堵三人，至能惨死，世玉和豆豆被带回红莲寺。红莲寺在神公（黄锦江 饰）掌控下逼迫众多少林弟子为奴，昔日的少林俗家弟子洪熙官屈服神公担任工头，与方世玉大打出手，方世玉被神公暗算，奄奄一息。红莲寺内机关重重，少林弟子动辄命丧劳作之中。被神公纳为宠姬的豆豆为方世玉求得性命。一众少林子弟决意冲出红莲寺，重返自由……
宦官弄权的明朝末年，苛税与暴政弄得民不聊生。张君宝（李连杰）与董天宝（钱小豪）是一对自幼在少林寺长大的师兄弟，但两人性格迥异，张君宝善良忠厚，董天宝则狡猾阴险，在争夺进入达摩院修行的资格时，两人因与师伯发生争执，被逐出少林。 出寺后，两人因志向渐不同而分道扬镳，董天宝贪图荣华参军，张君宝则与一群仁人志士一起劫富济贫。为求高官，董天宝向大宦官刘瑾出卖大批旧友，一时间血流成河。为替义士报仇，也为帮民除害，张君宝在秋雪（杨紫琼）的帮助下，从其师傅的气功心法中悟出一套武林奇功“太极拳”，开始勤加练习，准备不日与敌手来场血战。
两名农夫搭木筏至一孤岛兜售鸡鸭，岛上气氛诡异，两人胆寒之下突遇一群面具人袭击，农夫一死一降，皆被岛上屠夫解体后当做食物分发给饥肠辘辘的岛民。原来此岛辖属大家乡，不知何时岛民开始以人肉为食，保安队负责维持治安与食物配给。 密探九九九（徐少强 饰）为追踪江洋大盗劳力士（黄锦燊 饰）与一自称“包铁胆”的蟊贼登岛，击倒岛上屠夫后九九九拜访大家乡保安队长（高雄 饰），队长将其引至屠场，九九九力战群凶后负伤逃脱，在一民女阿莲家调养之后向队长求证，然而一无所获。 先前劳力士选择大家乡任保安副队长，以求洗心革面，谁知事与愿违却做起了吃人的勾当，劳力士几次计划向岛外求援却全被破坏，这次向九九九报警仍不被理睬，无奈之下放出被囚的包铁胆，自己反被队长杀死。九九九又一次经历围攻而大难不死，他决定和包铁胆、阿莲姐弟一起逃离食人岛……
八国联军入京，朝廷出奔，举国局势一度混乱。黄飞鸿（赵文卓 饰）与父亲黄麒英（刘询 饰）、十四姨（王静莹 饰）、徒弟梁宽（莫少聪 饰）、鬼脚七（熊欣欣 饰）一行人南下番禹，欲与十三姨（关之琳 饰）、猪肉荣（郑则仕 饰）、牙擦苏（郭晋安 饰）汇合。师徒于路同担心海盗夺粮的南粤米仓发生误会，两帮人不打不相识，黄飞鸿助其将盗米贼扭送衙门，惊觉盗米竟是差役领班谢四（张铁林 饰）指使。原来南海海盗趁局势混乱，活动频繁，使番禹一地早无官员统制，差役不得已靠偷盗维持口粮。黄飞鸿有感谢四等人忠义，遂放弃赴港计划，与当地海盗单眼英、张玉麟、张保仔等人展开连场搏杀…… 本片是徐克执导黄飞鸿系列的第五部。
