神水宫是江湖中的传说，它从来不参与江湖纷争，亦没有人知道它的真身究竟在何处。近日来，武林帮派的各大帮主接连因为中了神水宫的天一神水之毒而命丧黄泉，一向风流倜傥的楚留香（狄龙 饰）则被误会为了神水宫的帮凶而遭到唾弃。 为了洗清冤情，楚留香决定和李红袖等人调查事件的真相，在一番波折之后，楚留香总算得以打入了神水宫的内部，却发现这里的确是清静之地。原来，所有的命案都系楚留香昔日的好友无花和尚所为，然而，当楚留香想要离开神水宫将真相公之于众时，却遭到了神水宫主的拒绝，只因为楚留香得知了她有一私生女的秘密。
令狐冲（李连杰饰）在按计划与日月神教的朋友会面后，将和小师妹岳灵珊（李嘉欣饰）等其他华山派师兄弟赴牛背山归隐退出江湖。路途中意外发现练就“葵花宝典”的东方不败（林青霞饰），但令狐冲不认识东方不败，误将对方当成一位美貌女子。后来几次相遇，还一道饮酒吟诗。 在同任盈盈（关之琳饰）、蓝凤凰（袁洁莹饰）会合后，几个月来江湖不平，大事连连。任我行为东方不败所囚禁，他们商量着夺回日月神教，便乔装进入浪人营打探，救出任我行。 另一边华山派弟子惨遭毒手，黑木崖上，令狐冲和一干人都想着报仇，他惊觉眼前人竟是东方不败……
