怪盗基德的预告信出现在了北海道函馆，斧江财阀的收藏库中。这次基德将要盗走的是，江戸幕府时期新选组副长土方岁三的日本刀。向来追逐奢华宝石的怪盗基德，居然会看上刀？ 　　此时，被称作西部名侦探的服部平次和柯南一行人，也因为剑道大会来到了函馆，在基德执行预告的当日，平次看穿了基德的伪装并对其穷追不舍！ 　　同一时间，一具尸体在函馆仓库街被发现，尸体的胸口有一个十字伤口。搜查中，出现了一位被叫做“死之商人”的活跃于亚洲一带的美籍日裔军火商。这个人一直在寻找斧江家初代家主藏在函馆的宝藏。斧江家江戸幕府战争时代深耕军需产业，传说那宝藏是能扭转幕末纷争的强力武器，而这宝藏似乎和基德追逐欲盗取的刀有着千丝万缕的联系。在基德瞄准刀的同时，有一位剑士也在向基德逼近……

记者玲（李心洁饰）的男友Peter获得一宗刑事案件的新闻线报，前去取证途中突然遭遇交通事故意外身亡。玲觉得事有蹊跷，调查后发现一宗模特命案。女模特Helen裸死于家中浴缸，富豪之子张承志没有不在场证据，但事件竟被警方低调处理，张承志的相关证据也被消除。玲为不愿男友枉死，誓要调查出事件真相，但报社总编辑曾达时（梁家辉饰）却不愿为玲伸出援手。无奈之下，玲只好求助常常被追债的飞(黄秋生饰)与马仔(葛民灰)帮助她调查真相。飞原来是警察出身，在调查中，他发现Peter的死因确有蹊跷。随着调查的进行，黑暗中的黑手不断想将玲置于死地，究竟事件的真相能否登上报纸的A1头条？真相与言论自由的赛跑，在香港的午夜开始。

　　在奥地利一座农舍中搜寻纳粹文件时，一支专家团队揭开了埋藏在其中的隐秘秘密。美国 expatriate 贡纳·S·霍尔布鲁克对解开这个谜团产生了痴迷，而随着理智的崩溃，他必须面对一股无法满足的邪恶

昭和31年（1956年），静冈县印刷商望月次郎受临退休刑警田岛委托，印刷一份“刑事搜查资料”。资料中记载了一桩已过追诉时效的土木工人被杀案，案件牵涉“修善寺妓女”大塚花与天城隧道附近被目击的14岁少年。 　　翻阅资料时，望月被封印的记忆逐渐复苏——那个“少年”正是31年前的自己，而大塚花则是他的初恋。当年，二人曾赤脚携手翻越天城山，共度数小时如梦似幻的恋情。花的笑靥、清丽歌声与掌心余温犹在，然而分别后花却因杀害工人被捕。警方审讯中，花在田岛刑警的逼供下认罪，但其供词充满矛盾，仿佛刻意包庇某人。 　　31年后的今日，田岛刑警为何突然造访望月？又为何偏执地逼迫他直面往事？ 　　当事件“真相”最终揭晓，望月与花跨越半生宿命重逢。

一次偶然中，古董商人郭敦煌（钟发 饰）和其徒弟发现了一座古墓，墓中躺着三具额头上贴有符纸的僵尸，在僵尸的身上，郭敦煌发现了生财之道，却在无意之中将镇压僵尸的符纸弄掉，引得僵尸复活，他的徒弟亦因为和僵尸搏斗而身负重伤。 　　郭敦煌一行人找到了林医生（林正英 饰），求其救治，林医生告诉三人，僵尸十分危险，必须将其彻底消灭。然而，郭敦煌却并不愿意放弃好不容易弄到手的摇钱树，与此同时，警方亦闻风而动，情势十分混乱。男僵尸（张荣祥 饰）和女僵尸（王玉环 饰）千方百计寻找逃脱的办法，小僵尸（何建成 饰）却和人类小孩交起了朋友。

玛雅在一场暴力袭击事件中幸存了下来，但她还要面临着蒙面杀手的无情追捕。而在这部三部曲的第二部中，当她在为生存而战时，她揭开了蒙面杀手背后的可怕谜团。