在寒冷的北海道旭川市某处，生活着以美人自居的大小姐九条樱子（伊藤静 配音）。除了有些自恋外，樱子还有用死尸骨头制作标本的怪癖，其对于验尸更有着较深的学识。也许正是对尸体、骨骼那有着近乎偏执的异乎寻常的喜爱，让樱子接二连三卷入各种匪夷所思的死亡事件中。在此过程中，普通高中生馆胁正太郎（榎木淳弥 配音）也被樱子牵着鼻子跑来跑去，见证着每一个案件被侦破的瞬间。对于死者来说，恰恰因为有了樱子这样的怪人，才让他们的冤屈得以昭雪…… 本片根据太田紫织的同名轻小说改编。
故事的发生地是在一座名为星元市的小城市。 在市内的狮子尾山上，耸立着一个闪耀着彩色光芒的巨大物体，这个被命名为“摩诺之角”的物体，实际上是16年前“怪兽之日”事件发生之后就矗立在那里的“怪兽的角”。 在世界各地同时出现怪兽的“怪兽之日”事件发生之后，怪兽灾害开始变得日常。日本的地球防卫队开始以武力对付怪兽的同时，怪兽防灾科学调查所（统称SKIP Scientific Kaiju Investigation and Prevention center）也为了防止怪兽灾害的发生和受灾情况扩大，不断对各地区进行科学调查和避难引导。这个组织时至今日，还在不停地调查“怪兽之日”出现的原因和城市中的“摩诺之角”。 年仅7岁的“优马”在狮子尾山与父母露营时，遭遇了怪兽袭击，他奇迹般地生还并毫发无伤。以此为契机，“优马”踏上了研究怪兽生物学的道路。虽然有着痛苦的过去...
