某个大陆的、某个时代。 大陆南北分割的战争结束了，世界走向了和平。 在战争中作为军人的薇尔莉特•伊芙加登，怀抱着对她来说无比重要之人留下的“话语”，离开军队来到了大港口城市。 踊跃的人群在排列着煤气灯的街道马路上来来往往地穿梭着。薇欧瑞特在街道上找到了“代写书信”的工作。那是根据委托人的想法来组织出相应语言的工作。 她直面委托人、触碰着他们内心深处的坦率感情。与此同时，薇欧瑞特在记录书信时，渐渐明白那“话语”的含义。
这里是某中学的理科室————。 科学部部长上野，是恋慕着部内学弟田中的恋爱少女。 她使用天才过头的异想天开发明品，采取各种手段试图吸引田中的注意。 一年级的部员山下也以沉着冷静的辅助来支援上野！ 上野的恋情究竟能否成功！？
莜玛（斋藤桃子 配音）是生活在魔界的公主，个性大大咧咧乐观向上，对即将到来的每一天都充满着希望，开朗的一点都不像魔族。帕克拉（平野绫 配音）是一名吸血鬼，个性非常强势的她在喜欢的男人面前就会来个一百八十度的大转弯，变成唯唯诺诺十分乖顺的“小猫咪”。 莉露（生天目仁美 配音）是一名狼人少女，性格热情奔放，对肉类有着狂热的爱好，自控能力尚且不足的她，在看到和月亮有些相似的黄颜色圆形物体时就会变身。铁子（明坂聪美 配音）外表看似可爱的少女，实际上却是由钢铁打造的人造人。这四位特殊的女性来到人间界，在这里展开了修炼。
舞台是象征理性的「青之世界」，然而正在遭受由本能支配的「红之世界」的生命体NightflyO’Note的袭击与侵略。17岁的主人公麻黄Akira就职为青之世界研究员，随后因为能力出众而被提拔为最前线的战斗指挥官，受命负责横跨石垣岛和西表岛而构成的对位相外防卫机关，通称「琉球LAG」。在那里她遇见了在第五战斗单元经过激战而全军覆灭之后，于四年前成立的第六战斗单元「IS」的学生们。主人公作为教官，率领着又称「Scared Rider Xechs」的6名骑手（Rider），共同浴血奋战，应对来自异世界的攻击和威胁。在这样的生活中，他们的友情也在逐渐加深。
2008年――謎の勢力の出現により、 アニメ、ゲーム、マンガ、音楽、鉄道、コスプレなどあらゆるオタク文化が排除された日本。 グッズは収容され、保護の名のもとにオタクが弾圧されても、 人々は自我を喪ったかのように疑問を持たない。 秩序維持を担う組織「SSC」に蹂躙され、オタクは滅びたかに思われた―― だが、封鎖されたアキバを奪還し、反旗を翻す者たちが現れる。 若き革命者「オタクヒーロー」――何よりもオタク文化を愛し、誰よりもアキバを愛する男。 そして彼を慕う3人の魔法少女たち――「アナーキー」「ブルー」「ピンク」。 2011年の日本を舞台に、自由の旗のもとに集ったオタクたち―― アキバ革命軍は、SSC首領「SHOBON」との壮絶な戦いに挑む。 混沌も秩序も破壊して、好きなものを好きなだけ好きといえる世界のために。 自由の旗のもとに集ったオタクたちよ、 奪われた文化を取り戻すべく OTAKU COUNTER CULTUREを巻き起こせ！
