小时候搬来这个海滨城镇的由坂健次，眼里看到的，是一望无际的大海被日光照射后呈现的那一片玻子汽水般的色彩。健次在那海边同一位少女相遇。少女的名字叫做近卫七海，就住在健次新家的隔壁，窗对窗仅有1、2米伸手可及的距离。 四季转变，时光飞逝。他们两人的回忆和一起度过的岁月一起渐渐堆积。一如既往的每一天，自然而然的情感，对他们来说，这些就是如同宝物一般。日光渐渐刺眼，蝉叫依稀可辨，天空愈发湛蓝……今年的夏天也来了，对健次和七海来说平常却又有些许改变的夏天……
故事的发生地是在一座名为星元市的小城市。 在市内的狮子尾山上，耸立着一个闪耀着彩色光芒的巨大物体，这个被命名为“摩诺之角”的物体，实际上是16年前“怪兽之日”事件发生之后就矗立在那里的“怪兽的角”。 在世界各地同时出现怪兽的“怪兽之日”事件发生之后，怪兽灾害开始变得日常。日本的地球防卫队开始以武力对付怪兽的同时，怪兽防灾科学调查所（统称SKIP Scientific Kaiju Investigation and Prevention center）也为了防止怪兽灾害的发生和受灾情况扩大，不断对各地区进行科学调查和避难引导。这个组织时至今日，还在不停地调查“怪兽之日”出现的原因和城市中的“摩诺之角”。 年仅7岁的“优马”在狮子尾山与父母露营时，遭遇了怪兽袭击，他奇迹般地生还并毫发无伤。以此为契机，“优马”踏上了研究怪兽生物学的道路。虽然有着痛苦的过去...
