故事发生在位于大阪的安倍商店街中，无论什么时候，这里都洋溢着热热闹闹的欢快气氛。个性大大咧咧的少女朝比奈由美（松冈由贵 配音）从出生起就生活在这条商店街上，和她一起长大的，还有活泼好动，满脑子都是奇思妙想的今宫圣智，两人可谓是青梅竹马的玩伴，商店街的每一条街道，都被他们牢牢的敏记在心间。 谁知道某一日，拆迁队的到来彻底破坏了商店街祥和的气氛，甚至引发了可怕的诅咒，这诅咒令商店街的居民们穿越到了一个又一个奇妙的世界之中，开启了他们充满了刺激的不可思议的冒险。
小学生小宝家里突然来了个名叫小糊涂神的不速之客。小糊涂神今年三岁半，脑袋经常抽风，曾经迷路八百多次，是个不折不扣的小糊涂蛋。他住在小宝的转笔刀里，经常连自己的名字都记不清楚。只要念动“金糊涂银糊涂”的咒语他的他爸爸老糊涂和爷爷老老糊涂就会出来救他，可是爸爸跟爷爷往往比小糊涂神更糊涂。一次意外，小糊涂神放跑了葫芦里的死对头大魔包，从此小宝和小糊涂神的生活就麻烦不断。
2016年，由于开始侵蚀世界的怪人“BugStar”=未知的电脑游戏病毒侵蚀开始。为了救助感染者，决定与BugStar战斗的天才玩家宝生永梦变身为假面骑士Ex-Aid。
只要人类拥有心，就一定会有烦恼。“怪”也由此乘虚而入，在体内引发奇怪的症状。被称作“怪病”的这种病症，虽然无人知晓，但确确实实地存在着。面对现代医学的治疗手段束手无策的这种病症，有一位医生和弟子一同出面应对。他的名字是拉姆尼。外表怎么看也不像是个医生，不论何时都我行我素，而且说话也毫不留情。但他一旦面对怪病，就能瞬间发现患者们隐藏在心中的烦恼原因，并加以治疗。
原作単行本の巻末オマケ漫画をアニメ化した短編 第1期&第2期BDにのみ収録
