《乌龙院之活宝传奇》动画片第二季延续功夫喜剧的特点， 讲述师徒四人在寻宝救世的冒险旅途中领悟到信心和快乐才是真正的力量，展现了东方智慧和见义勇为的精神。故事主要讲述在神奇的“活宝”惊现江湖后，师徒四人在寻找到活宝的四个部分后，为了找到最后的活宝之首，乌龙院师徒登上了极乐岛。
在极乐岛上，众人遇见了失踪多年的艾飞父亲——艾迪生，在他的帮助下，从岛上的猴群手中找到了活宝之首。几经周折，众人在药王庄找到了奄奄一息的艾飞将其救活，右活宝也终于被拼接完整。失散千年的左右两个活宝在此重逢，师徒四人见任务圆满完成便启程返回乌龙院。
不料老沙客为提炼活宝原力，将左和右活宝都迷晕抓走。在提炼原力的中途却发生意外，80%活宝原力被其长子沙客季获得。沙客季妄图补全活宝原力，按照祖传秘法抓来极阳之人——乌龙院大师兄，不料活宝原力又意外的转移到了大师兄身上。
乌龙院大师父发现活宝之事并未平息，担心活宝强大的力量落入坏人之手，于是又展开了调查。通过线索众人一直找到庞贵人的密室，发现了沙客家族炼丹宗师沙客一的画像，并被带入一条密道。
原来密道是通往恒王地宫的，在地宫里众人遇到为了获得完整原力而来寻找麒麟胆的大师兄，可当麒麟胆现世时，却吸走了大师兄身上的活宝原力。原来所有一切都是死于千年前的沙客一设的局，他引来活宝原力是为了使自己复活，并妄图统治天下。
众人不敌复活的沙客一，沙客一利用活宝原力和炼丹术，控制着魔仆压榨百姓、炼造了大批如同真人的魔俑，天下江湖危在旦夕。为了阻止他的邪恶阴谋，众人齐聚铁堡，计划派出铁金刚二代和魔军抗衡。大战来临前，铁堡意外失火，铁金刚被烧坏，而此时却传来魔俑大军即将烧制完成的消息。重要关头，大师兄决定带队前往石头城，捣毁魔窑，双方大战将一触即发。
