当还是很和平的时候，世界突然出现了一个企图侵略地球的邪恶军团“黑暗十字军”，地球受到无尽的威胁。在这时，联合国组成了一支地球保卫联盟的军队。这支军队被分配到不同角落，其中一支就处于日本。“黑暗十字军”开始在日本不同地区破坏。 日本各地，黑暗十字军各自选出目标，杀害反对他们的人。当大家都被杀害，其中五人奇迹生还并发誓会复仇。他们穿上特别的电子战衣，使用着普通人没法使用的超能力。指挥官告诉他们，他们是秘密的战士·“秘密战队五连者”。具有很好的机会去对抗十字军。
表面上过着平凡高中生活的红真九郎，实际上是经营着所谓的麻烦事务处理所的麻烦解决人。一日，同样负责解决事务的柔泽红香小姐，收到了保护神秘少女九凤院紫的任务。本不想接受任务的红香，在少女的表情之下动容，要求真九郎负责这一任务。第二天，住在真九郎寓所的紫感到不安，而真九郎不顾其感受去学校上学。结果，当他从学校回到家中，紫已经不知去向。 委托人真九郎能否完成任务？紫的真实身份又是什么？根据小说《红》改编的动画，将会对迷题一一解答。
