故事舞台在21世纪中期的东京，那时东京已经因为温暖化而被密林所覆盖，被骤雨与恐怖的热带蚊所威胁的人们建起了以希腊巨神阿特拉斯命名的高塔移迁到了空中。但是并不是所有的人类都拥有这样的福利，贫困的人们仍然得留在地面与种种危机为邻过着艰辛的生活。摆在刚从少年教养院出来的少女面前的，是一大片危险的密林以及与个性各异的同伴一同参与进以性命做赌注的战斗的命运……
小学生小宝家里突然来了个名叫小糊涂神的不速之客。小糊涂神今年三岁半，脑袋经常抽风，曾经迷路八百多次，是个不折不扣的小糊涂蛋。他住在小宝的转笔刀里，经常连自己的名字都记不清楚。只要念动“金糊涂银糊涂”的咒语他的他爸爸老糊涂和爷爷老老糊涂就会出来救他，可是爸爸跟爷爷往往比小糊涂神更糊涂。一次意外，小糊涂神放跑了葫芦里的死对头大魔包，从此小宝和小糊涂神的生活就麻烦不断。
2016年，由于开始侵蚀世界的怪人“BugStar”=未知的电脑游戏病毒侵蚀开始。为了救助感染者，决定与BugStar战斗的天才玩家宝生永梦变身为假面骑士Ex-Aid。
本片延续上一部的内容，讲述彩虹小镇阳光幼儿园迎来新的学期，校巴歌德继续负责接送小朋友上下学的工作，逗逗迪迪和他们的朋友虽然有所成长，但新的问题也层出不穷，情绪管理上还需要歌德、老师和家长的引导和帮助，进而学习更多管理情绪的方法。 本片旨在探讨和挖掘三至六岁的儿童在情感发展和完善上的处理方式和解决方法，因为随着交互增多和面对的人物个体多元化，小朋友很容易产生各种情绪波动。因此，需要更好的引导，让他们找到合适的方法转化负面情绪、培养正面情绪，从而成为积极面对生活、待人和睦友好的人。
