內田一宏是名直升機飛行員的三等空尉，真正想做的事是成為可以以聲速在平流層飛行的戰士， 現實總是不如人意的，在飛行員的學習段階，他被分配到了救難飛行隊里。此小隊現駐扎在小松基地近郊 ，小隊里有嚴格的飛行員前輩和堅強的救難人員及做機械工的女準備員 ，小隊也成了多多少少有點不好習慣的隊員們的聚集之地。事實上，在救援隊隊長村上二佐的率領下此隊是日本最優秀的救援隊伍，在與原先希望不一樣的隊伍中工作的主人公面對航空事故、山岳遭難、地震等各種各樣任務的過程中發現了救援的意義。
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在《纳米核心》的里世界中，各位主角配角以及龙套们，都要在“纳米学院”中学习生活。大家在这个世界不那么认真地上课、考试、过着奇奇怪怪的校园日常，并不正经地保护着这个世界，以及不停地用各自的方式向大家“表示友好”。
