《海底小纵队第九季》讲述了一群可爱小动物组成的海底探险小队的故事。他们居住在神秘基地——章鱼堡，随时准备出发去解决海底、陆地、空中的险情、排除可能发生的危险。小纵队成员们以巴克队长为领导核心，集结呱唧、皮医生、达西西、章教授、西瓦、巴德等团队成员在全球各地完成“探险、拯救、保护”的使命。他们足智多谋，各怀绝技，齐心协力，时刻准备克服险情，排除危机，为各种各样真实存在的陆地及海洋生物提供帮助与救援。
少年叶天获得了复制他人天赋的能力，从此逆天改命，为了守护妹妹变得更强，他开始了对未知世界的探索，逐渐 揭开异次元入侵的秘密……
故事的序曲从国中一年级开始。长相乖巧可爱的少女吉冈双叶（内田真礼 配音）不擅长应付男生，总觉得男生很讨厌，唯独隔壁班的田中，在她眼中是一个特别的存在。然而，和田中的青涩恋情还没开始，就随着他的转校而凋谢。 转眼间，双叶已经是高一学生。因为国中时曾经被班上的女生排挤，她决定伪装自己原本的样子。 在一个平常的课间，她意外遇见一个长得很像田中的男生，他的身高和声音都跟国中时相差很大，这个叫马渕洸（梶裕贵 配音）的男生究竟是不是当年那个腼腆秀气的田中？ 砰然心跳，稚嫩青涩的闪烁青春，已经拉开帷幕。
夜行神龙，生存在中世纪的欧洲。他们白天变成坚硬的石头，夜间化身穿梭云霄的魔兽。他们有着过人的力量和锋利的爪子，甚至还有能在空中滑翔的巨大翅膀。为了在白天得到保护，他们与人类合作，为领主们攻城拔寨，但人类害怕他们的力量，最终背叛了夜行神龙一族。人类借由魔法的力量将夜行神龙一族永远化为石像。转眼已经到了1994年。在美国纽约，千年的咒语破解了，亿万富豪大卫•塞纳吐司以巨大的财力和高超的科技唤醒了沉睡了千年之久的夜行神龙一族。这次，他们要面对人类、欧伯朗的孩子们、中世纪的传说人物、派克一族。白天依旧会变成石头的夜行神龙们的未来，充满挑战。
