三位小魔仙希雅、海昕和夏凡在化解了海萤堡的灾难后，回到人类世界-悦悠岛，成为了海洋保育馆的见习保育员。在保育馆的见习生活中，她们学习了解到各种海洋知识，并积极参与到救助海洋生物的行动中。 然而，一个自称“铁鹰战队”的神秘团队突然造访悦悠岛，利用各种高科技装备，四处捕捉各种海洋生物。这一切原来是精于制造各种机器的幻仲博士在幕后指使的，希雅、海昕、夏凡三人随即用魔仙力量与之展开一场保护海洋生物的战斗……
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在《纳米核心》的里世界中，各位主角配角以及龙套们，都要在“纳米学院”中学习生活。大家在这个世界不那么认真地上课、考试、过着奇奇怪怪的校园日常，并不正经地保护着这个世界，以及不停地用各自的方式向大家“表示友好”。
第二季特典动画短篇，共5话，每话5分钟。 映像特典 第2期 BD&DVD卷数//发售日//收录特典日文标题//中文标题 1//2014年9月26日//ファーストブラ イリヤ编//第一次穿胸罩 伊莉雅篇 2//2014年10月31日//ファーストブラ 美游编//第一次穿胸 罩 美游篇 3//2014年11月28日//おねえちゃんの人肌治疗//姐姐的人肌治疗 4//2014年12月26日//小学生チャイナドレス 5//2015年1月30日//魔法少女プリズマ×××
