东西冷战了170年后的未来，世界被分为东部和西部二个对立面。经常互相对峙，处于极度的紧张状态。在那样的状况中，设立了秘密谍报组织“Zero zero机关”，组织以00号码称呼着间谍部队中的人工控制机械人。 主人公ミレーヌ·ホフマン 属于00号码间谍“9小组”的女性人工控制机械人。代号009-1的她美丽的身体中包藏着许多秘密兵器，并赌上性命进行着谍报活动。
在这个世界上，有着能将妖精作为兵器所操使的“妖精兵”存在。战争结束后，他们结束了使命、失去了容身之处。战争后那不稳定的政局，因战争受到伤害的过去的犯罪者出现了，他们为了复仇而发动了恐怖袭击。这是无序的抗战后、寻求各自的正义而战斗的“妖精兵”们的故事。
