来自宇宙中的Bratcher星的拥有黑暗能量的三人组到达了地球，将能量附身于蒸汽机车上从而获得了拥有自我意识且可以变身的机械生命体，其为了实现“将世界笼罩在一片黑暗之中”的目的，决定首先以日本地区为中心展开他们的黑暗大作战。为了阻止这一邪恶野心，维护正义的火车侠们从Hikarian星远道而来，于是围绕着火车侠们与黑暗军团之间的正邪之争开始了。
表面上过着平凡高中生活的红真九郎，实际上是经营着所谓的麻烦事务处理所的麻烦解决人。一日，同样负责解决事务的柔泽红香小姐，收到了保护神秘少女九凤院紫的任务。本不想接受任务的红香，在少女的表情之下动容，要求真九郎负责这一任务。第二天，住在真九郎寓所的紫感到不安，而真九郎不顾其感受去学校上学。结果，当他从学校回到家中，紫已经不知去向。 委托人真九郎能否完成任务？紫的真实身份又是什么？根据小说《红》改编的动画，将会对迷题一一解答。
