公元199X年，人类世界的最高首领因一己私欲发动战争，甚至愚蠢地按下毁灭世界的按钮。世界遭受核武器洗礼，山崩地裂，海水枯竭。部分人类虽侥幸存活，然地球上资源短缺，使得血腥纷争仍在继续。 世间传说“有北斗出现的地方，必现乱事”。身上有七处伤疤、北斗密宗神拳继承者健四郎孤独行走在干涸的大地上，寻找心爱的女人尤丽娅。一路上艰难险阻不断，各路强手如云，健四郎在宿命的引领下一次次穿越充斥血雨腥风的生死屠场…… 根据武论尊、原哲夫的同名漫画改编。
这部《新北斗神拳》OVA依然以小说为蓝本改编而成，作者虚构了一个人类文明衰亡的环境，友情、亲情……一切理智下建立的秩序需要由力量来维持。主人公健次郎背负着沉重的宿命，在一次次生死搏杀的同时体验着人生的悲欢离合，也昭示了人性的可贵。和《圣斗士冥王十二宫》一样，这部OVA动画也采用了3DCG 和2D画面结合的方式，在第一话的声优名单里，你还可以惊喜的发现子安武人这样的名字。相对于老版本，《新北斗神拳》在情节上相对紧凑了许多，原哲夫式的紧张气氛、健次郎李小龙般的动作特点都变得越发明显。充满张力的画面，也许可以帮FANS们找回当年对那份北斗神拳的痴迷感觉。
故事发生在名为“MERMAID”的人工岛上，处女守（井泽美香子 配音）被送往了这座小岛之上，却在刚刚登岛没多久就遭到了袭击，在生死攸关的紧要关头，一位名叫敷岛魅零（井口裕香 配音）的金发美少女登场，然而，敌人实在太过于强大，就算是魅零也渐渐感到力不从心，就在这节骨眼上，魅零竟然吻了守，让守不敢相信的是，自己竟然化身为了一柄长刀成为了魅零的武器，两人合作战胜了敌人。 原来，在岛上还生活着许许多多和守一样的人，个性大大咧咧的守财奴樱美凤（久保由利香 配音）、英俊潇洒的柊晶（芳野由奈 配音）、我行我素不受管制的莲实玲音（大西沙织 配音）等人，他们的共同目标只有一个，就是离开这座岛屿。
天才少年变废柴遭家族排挤，未婚妻竟上门当众退婚；萧炎为雪前耻立三年之约，一句豪言震惊全场：“三十年河东，三十年河西，莫欺少年穷！”在师父药老的帮助下，陨落天才开启了的传奇逆袭之路！
一场全球性地质灾难使得大陆处于割据状态，由不同的武装集团占领。大陆相对繁荣的萨科城被优人军阀攻占，萨科城北部为北域，西部为西庭，还有其周边五大城市原住民联合组织的五城联军，多方各自为政。由贺将带领的东邦小队与优人正面对抗，引起了多地势力的注意。与此同时，各地冲突不断升级，贺将被迫卷入激烈的斗争中。
