在这次的故事中，火星娃和他的小伙伴们一起驾驶机器人，与魔狼军团进行了新一轮的战斗。自从魔晶岛的历险之后两年，小星和阿左等人都回到了现代的地球，在阿左居住的城市中平静的生活着。大家都以为从此可以过上安静平和的生活。谁知，来自火星的侵略者魔狼和他的手下邪恶博士伽玛、爪牙肥蛋、大头鸡等依然潜伏在地球上。他们以一家生产玩具的工厂为掩护，实则却在地下建立了一个秘密的基地。这些邪恶的入侵者觊觎着不知隐藏在何处的神秘魔力水晶，妄图凭借着魔力水晶的力量实现自己统治全宇宙的野心。
再び大海原に飛び出した 千空達の旅路をお楽しみに?
工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
