在《纳米核心》的里世界中，各位主角配角以及龙套们，都要在“纳米学院”中学习生活。大家在这个世界不那么认真地上课、考试、过着奇奇怪怪的校园日常，并不正经地保护着这个世界，以及不停地用各自的方式向大家“表示友好”。
19世纪英国——名门贵族凡多姆海威家的管家塞巴斯蒂安·米卡利斯和13岁的主人夏尔·凡多姆海威一起以“女王的看门狗”的身分负责地下社会的肮脏工作。 受女王之命，塞巴斯蒂安和夏尔前往德国调查不可思议的死亡事件。 寻找真相的两人进到只要踏入就会被诅咒致死的“人狼之森”，可怕的诅咒从天而降……
