在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
“上帝，世界今天依然健健康康地疯狂着。” 就读于东京都内私立高中的高一学生护郎，既没有“希望”、“梦想”，也没有“野心”。 有一天，护郎的手机收到了奇怪的通知：你被选中了，请说出你的愿望。 在许一个愿望后真实现的护郎面前，一个神秘的女孩拉尔出现了，她对一连串的事情感到混乱的护郎宣告残酷的命运。 护郎被“伟大的意志”选中，为了实现他的愿望，他将与其他神候选人竞争 "神 "的位置，互相残杀，直到只剩下一个。
凹凸世界的创世神是一位很肆意随性的神明。他创造了凹凸世界的无数星球和人民，又随心所欲毫无规律地统治着他们——他让有的星球富饶美丽，让有的星球贫瘠荒凉，让有的子民享受自由幸福，又让有的子民承担重税苦役。创世神设立了七神使，让他们代自己推行神的旨意但是，创世神也不是完全不给他的子民机会——如果有谁想改变自己的命运，实现自己的愿望，那么就去参加“凹凸大赛”吧！参赛者将得到大赛系统赐予的“特殊能力”，并锻炼运用各自的能力不断闯关战斗。只要能在凹凸大赛中获得最终的胜利，那么就能得到一切，并赐予你与“七神使”一样代神统治世界的权力。然而，这些都只是虚伪的表象……
