在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
小师爷父亲施随安为磨砺儿子，在绍兴城内散发行侠令。小师爷通过行侠仗义获得十张行侠令便可得到梦寐以求的《师爷宝典》。在这个目标的激励下，小师爷更坚定了乐于助人的信念，用智慧和勇气帮助身边的人，开始了一场寻找行侠令之旅。
鬼医桃夭，善恶如谜。金铃过处，片甲不留。讲百种妖怪，述世间沧桑。她是所有妖怪的救星，也是所有妖怪的噩梦。她带着磨牙小和尚行走江湖，也是鬼医桃夭。桃都鬼医桃夭只治妖怪不治人，她带着小和尚磨牙一起云游四方，顺道给各路妖怪治病。磨牙的跟班狐狸滚滚，加上她们的老邻居蛇妖柳公子，也先后加入结伴而行，在这妖怪横行、惊险重重，却又让人眷念的人间大显神通，为周围的妖怪治疗各种疑难杂症，也为这些妖怪周围的人类排忧解难。桃夭、磨牙和柳公子之间的关系不显山不露水，更多稀奇古怪的问题等着这个小团队一起去探索解决。冰山的一角...
