在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
幼少期を貧民街で過ごし、生きるため必死に強さを求めてきたシノノメ?ハジメ。 今はコマイ村の村付き冒険者として、悠々自適な日々を送っていた。 ある日のクエストでダンジョンに潜ると、 そこには最弱モンスターのスライムに食べられかけている少女が！ 少女の名前はリルイ。生きるために一人でダンジョンに踏み入っていた。 親に捨てられ、行くあてがない彼女を放っておけないハジメは、 リルイを村に連れ帰って一緒に暮らすことに!? 不器用だけど世話焼きな独身冒険者と まっすぐで天真爛漫な少女が織りなす、 笑いあり、ときどき涙あり（？）のドタバタ冒険ファンタジー、開幕！
