年轻有为的广告设计师卢家耀（梁家辉 饰）在一次阻止不良分子寻衅滋事中失手伤人，被判服刑三年，在狱中，他因个性憨直得罪了黑帮老大，受尽欺辱，老囚犯钟天正（周润发 饰）看不过仗义相助，两人结为患难之交。 钟天正原本有完好家庭，只因嗜赌成性才误杀妻子，身陷囹圄的他追忆往事时后悔不已， 决心走出高墙后重新做人。然而，因为替卢家耀出头，他得罪了狐假虎威心狠手辣的典狱长（张耀扬 饰），自此卷入狱中恶势力的漩涡，走投无路之际，他放弃了“能忍则忍”的处世哲学，决意以暴施暴。
商业犯罪搜查科警司黄文彬（林家栋 饰）的妻子前往廉政公署举报丈夫巨额现金来路不明，廉记首席调查主任陆志廉（古天乐 饰）奉命传唤黄到署问话，然而对手老奸巨猾，深谙暗箱一切套路，最终平安脱险。此前不久，黄曾调查素有香港会计界教父之称的罗德永（卢海鹏 饰）未果，视频中二人的反常举止引起陆的怀疑。与此同时，身份难辨的Z基金在道貌岸然的律师胡志勇（王敏德 饰）的推动下即将上市，该基金打着扶贫旗号，有望吸引港府150亿的专项关怀基金投入其中。陆敏感察觉其中的蹊跷，他和同事利用有限的时间展开全面调查。 金钱巨大的诱惑之下，贪婪之徒铤而走险，更不惜为此杀人嗜血。狂扫污秽的Z风暴即将到来，黑云压城城欲摧……
