在防卫队长官·四之宫功的判断下，日比野卡夫卡逃过了被做成武器的命运，但依然处于被关押状态。在第三部队的新人们接到调动命令，纷纷赶赴各自要去往的新部队时，率领第一部队的最强者·鸣海弦出现在了卡夫卡面前。 鸣海表示不需要作为队员的卡夫卡，为了让他认可自己，卡夫卡必须直面“怪兽8号”那过于强大的力量。但与此同时，“怪兽9号”的威胁也在暗中逼近…
缩短距离，构筑关系的日常。 高中生和美少女的同居生活。 因为悲惨的家庭环境，对男女关系持有封闭价值观的二人约定对彼此不抱期待。 一个渴望爱而努力，不懂撒娇的沙季和作为她的哥哥却感到迷茫的悠太。 殊途同归的二人，渐渐相识相知…… 不知何时会亲情变质的故事…… 素昧平生的男女互相接近并彼此改变的恋爱物语。
《熊熊乐园3》在原有寓教于乐、制作精良的基础上，加入了“毛毛父亲”等一系列新角色，亲子主题贯穿整体故事，进一步满足了粉丝全家其乐融融一起看的需求。
