万物皆有灵，自然之力汇聚成了各种拥有意识的仙子。但是，由于人类不爱惜自然更有被封禁的力量觉醒，仙子们受到了伤害。人类少女遇到了来自水底的仙子，并与他相知多年。但是两人却无法跨越仙、人之隔。少女在奇妙的旅途中，决心寻找属于自己的力量。她相信人类也是自然的一环，定有人与自然和谐共存之法。她能否守护自然？
白巳津川市。 学園都市であること以外になんの特色もない街。 観光客を呼び込もうと町興しに励んでいるが、どれも不発。 しかし、思わぬ形で世間の注目を集めることになった。 ぶっきらぼうな態度をとりがちだが責任感が強く行動力のある頼れる青年。新海翔。 普通の学生らしい平穏な生活を送っていたが、白蛇九十九神社の神器が破損したことをきっかけに、翔の?常に変化が訪れる。 その影には、異能に目覚めた少年少女たちの姿があった。 なんの特色も無い街に住む、なんの変哲もない平凡な学生のはずだったが。 異能者たちが巻き起こす数奇な運命に巻き込まれて……。
第四季《万古仙穹4：银月城篇》接替上季内容，讲述了娲后三魂仅需找到最后一魂便可重生，古海为救小柔，前去银月城阻止大明王神寻到最后一魂。可银月城内却是更加艰险万分，古海将要面对新的挑战。
