三位小魔仙希雅、海昕和夏凡在化解了海萤堡的灾难后，回到人类世界-悦悠岛，成为了海洋保育馆的见习保育员。在保育馆的见习生活中，她们学习了解到各种海洋知识，并积极参与到救助海洋生物的行动中。 然而，一个自称“铁鹰战队”的神秘团队突然造访悦悠岛，利用各种高科技装备，四处捕捉各种海洋生物。这一切原来是精于制造各种机器的幻仲博士在幕后指使的，希雅、海昕、夏凡三人随即用魔仙力量与之展开一场保护海洋生物的战斗……
喜欢天空，喜欢摄影的普通高中生森宫依人（冈本信彦 配音）和体弱的姐姐森工苍乃（中原麻衣 配音）相依为命。在一次拍摄天空的过程中，依人和命定的少女四方茉莉（能登麻美子 配音）相遇，这个活泼开朗的女孩让依人很有好感。因为一些意外，茉莉住进了依人的家，和依人的同学石月真名（本多阳子 配音）等也成为了好友。恰巧的是，真名的妹妹小依（清水爱 配音）和依人的姐姐苍乃住在同一家医院。于是，依人和真名等的联系更加紧密了。随后出现的一些事件，让依人认识到原来茉莉是传说中的“夜娲人”，拥有超强能力和不死之身，而许多事情的真相依人却还不知晓…… 本片由著名KEY社的久弥直树原作，由七尾奈留担当人设制作。
中学理科老师矢的猛（长谷川初范 饰）是一名心中充满了正义感和责任感的有志之士，对于曾经四处作恶搅得人心惶惶的怪兽，矢的猛深信其实是来自于人类的负能量造就了它们，因此，作为一名老师，矢的猛一直都致力于教导学生们什么是正义，什么是邪恶。 可是，矢的猛的一己之力实在微薄，怪兽克莱圣特重现人间，给地球带来了重大危机，UGM得知此事，派出了爱迪奥特曼来到地球惩奸除恶。在大山一树（中山仁 饰）和伊藤顺吉（大门正明 饰）的邀请之下，矢的猛加入了他们的队伍，展开了和克莱圣特的殊死搏斗。面对格外强大的敌人，矢的猛是否能够凭借自己的智慧和勇气，获得最终的胜利，保卫地球的和平呢？
