猩球崛起

　　在他们迷失在另一个维度之后，拉泽团队再次联合起来对抗新的威胁。

　　在这个世界上，有一个充满着诸多谜团的杀手组织，这个组织中的杀手，都被注射了一种基因，而让他们的身体结构发生变化，成为“异能者”……尼克的父亲（乔尔·格特斯饰）就曾经是这样的一位刺客，通过杀手组织的基因改造之后，尼克的父亲成为了一名顶尖的杀手，随着年纪渐老，尼克的父亲决定要退隐江湖，金盆洗手，但却遭到了组织的追杀，死在了幼年尼克（科林·福特饰）的面前，不得善终。
　　满怀悲痛的尼克（克里斯·埃文斯饰）长大后决定要为父报仇，但是杀手组织兵强马壮，自己区区一个小角色，又没有任何过人的能力，如何才能对抗庞大的犯罪集团？好在尼克并不笨，他构思了一个计划，将被杀手组织陷害和暗杀过的人的亲朋好友联系到了一起，从中组成了一支敢死队。而一些想退出组织的基因改造人也加入了尼克的团队，另外尼克还和另一位有着特异功能的少女凯西·霍尔蒙斯（达科塔·范宁饰）合作，她的异能则是神奇的预言未来。
　　在凯西的帮助下，他们共同追踪一个被盗旅行箱的下落，由于旅行箱可能置整个杀手组织于死地，于是也成了尼克一行人复仇的关键所在。几经周折，他们和前来抢夺的杀手组织成员交锋，拿到了旅行箱，并发现了神秘组织的最新武器－－一个被命名为R16的强大新型实验性药品，而这个药品在谁手里，将直接决定这片土地的命运。杀手组织派出了精英杀手反扑，尼克一行人严阵以待，一场大战即将爆发……

　　1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。
　　另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。
　　就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。
　　为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。
　　哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。
　　为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。