在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……
故事开始于16世纪的佛罗伦萨，阿尔蒂（小松未可子 配音）是一位出生在贵族家庭的少女，性格开朗的她对这个世界充满了好奇，从很小的时候起，阿尔蒂就深深的沉迷于绘画无法自拔，立志成为一名画家，可是，在那个年代，一位女性想要成为画家简直就是天方夜谭。 虽然母亲强烈反对阿尔蒂的决定，但阿尔蒂还是坚持了自己的梦想，她找到了当时著名的画家雷欧（小西克幸 配音），请求进入他的艺术工作室学习。虽然刚开始雷欧并不准备接受这个看上去有些憨的少女，但在阿尔蒂的身上，雷欧看到了自己曾经充满了热情的模样，就这样，阿尔蒂正式的成为了雷欧的徒弟，开始了她的绘画之路。
本作的主人公都仓碧是一名大学一年级学生，他在自己曾偶然进入的一家名为“Rainy color”的咖啡店打工。在那里，有很酷的帅哥岩濑启一、轻率的樱木凉太、温和的“Rainy color”的老板古贺西昂，以及很自由奔放的业主天见浩司。就这样，围绕“Rainy color”展开的充满热情的喜剧正式开演。
仁岁千岁（岸尾大辅 配音）自幼失去了父母，在孤儿院里长大，成人后，他住进了父母留给自己的房子里。偌大的屋子内，常年只有他一个人在走动，这份孤独狠狠侵蚀着他的内心，让他常常处于孤独之中。 某日，五名个性迥异的老师们住进了千岁的房子里成为了千岁的房客。情绪波动非常大的爱哭鬼一文字睦月（浅野琉璃 配音）、沉默寡言面无表情的二之舞如月（木村亚希子 配音）、身为保健老师同时也是剑道高手的三世院弥生（井上喜久子 配音）、个性开朗充满了活力的四天王卯月（古山贵实子 配音）和运动健将五箇条五月（笹岛芳 配音），这五位老师的出现带给了千岁人生新的希望。
在一颗名为“赤星”的行星上，人类移民政权天柱会，利用名为“苍寰晶石”的神秘物质，建造了能够改造大气的装置——“浑天”。 十年前的一次动乱中，“苍寰晶石”不翼而飞，“浑天”计划被迫终止。十年后，一支名为“黄金军团”的反抗军突然出现，随即迅速占领了天柱会最重要的矿镇，“苍寰晶石”再次现世，并被改造为能够毁灭整个星球的武器。 为拯救赤星，天柱会疾风、星火两兄弟，走上了打败黄金军、夺回苍寰晶石的旅程。然而，等待着两个年轻人的，除了险象环生的危机、各怀心思的同伴、被掩盖的赤星历史，还有藏在弟弟星火背后不为人知的秘密
